1.   חוסר חיבור לתשתיות- הבעיה הזו מתחלקת לכמה מרכיבים:

(1) חוסר חיבור פיזי לתשתיות לטיפול בשפכים ושימוש בבורות סופגים במקום. סוג זה של טיפול בשפכים יוצר זיהום קרקע ומים, משום שהביוב מחלחל עמוק אל מי התהום ויוצר בעיה לא רק מקומית אלא אזורית ואפילו ארצית. הסיבה למחסור בתשתיות בישובים הערבים נובע מזה שהרשות הלאומית לתשתיות וחוק המים הוקמו אחרי שהישובים הערבים היו כבר קיימים. המבנה העתיק של הישוב הערבי (הדרכים הצרות והבתים הישנים) והתפתחותו מקשים על חיבור מתאים לאותם אזורים אך אינו הופך את המצב לבלתי אפשרי.

(2) הקמת תשתיות לא חוקיות- חלק מהתשתיות אינן עומדות בתקנים- חלק מהחיבורים לבתים נעשים בצורה לא מפוקחת, ובשל כך גודל הצינור אינן עומד בלחץ המאושר לפי משרד התשתיות.

(3) חוסר תכנון מלא של מערכת הביוב- לעיתים קרובות התחנה האחרונה של הטיפול בשפכים אינה קיימת ושפכים מוזרמים אל נחלים ושמורות טבע קרובים לישוב שיוצרים בעיות שונות של זיהום. כדוגמא: נחל שאגור. 

2.   תחזוקת התשתיות- חוסר שמירה וטיפול בצינורות שכבר קיימים ואינם מתוחזקים ע"י הרשויות בשל בעיות כלכליות, שגורמים לפיצוץ בצינור ושפיכת ביובי גולמי אל תוך חלקים מהישוב ואל נחלים שמורים.